It is (was) ... that (who, whom)
Это выделительный оборот, который подчёркивает слово, пропущенное многоточием (авторы умудряются переводить его кучей других способов).
It was always you that i despised - это тебя я всегда презирала.
It is when an object is heated that the average speed of molecules is increased. - Именно (тогда), когда тело нагревается, увеличивается средняя скорость движения молекул.
It was not till late at night that he came home. - Только поздно ночью он вернулся домой.